研发费用、基础研究出资、残疾人工资：三类加计扣除「留存备查资料」清单全对照
「享受研发费用加计扣除，需要到税务机关办理什么手续？」「需要事先备案吗？」「要带什么资料？」——在各地12366的热点问答里，这类问题反复出现。四川、西藏、厦门等地税务局的答复口径完全一致：采取「真实发生、自行判别、申报享受、相关资料留存备查」的办理方式，无需到税务机关办理手续、无需事先备案，但必须按规定归集和留存相关资料备查。
「留存备查」四个字，是所有企业所得税优惠事项的通用办理逻辑；但留什么、留几份、留到什么时候、留不齐会怎样，不同加计扣除类型答案不同。本文把企业所得税里三类加计扣除优惠——研发费用加计扣除、企业出资基础研究支出加计扣除、安置残疾人员工资加计扣除——的留存备查资料要求做一次系统对照。政策依据全部来自现行官方文件原文与各地税务局官号问答。
一、总规则：23号公告确立的「留存备查」办理方式
《国家税务总局关于发布修订后的〈企业所得税优惠政策事项办理办法〉的公告》（国家税务总局公告2018年第23号）第四条规定，企业享受优惠事项采取「自行判别、申报享受、相关资料留存备查」的办理方式：企业自行判断是否符合条件，按《企业所得税优惠事项备案管理目录》列示的时间自行计算减免税额，通过填报纳税申报表享受优惠，「同时按照本办法的规定归集和留存相关资料备查」。第五条规定，主要留存备查资料按《目录》列示的清单准备，其他资料由企业自行补充。第六条要求：企业应当在完成年度汇算清缴后，将留存备查资料归集齐全并整理完成，以备税务机关核查。
这一方式取代了2015年76号公告时代的备案制。厦门税务在热点问答中明确回答过「2017年度享受加计扣除是否还需要去备案」：不需要，只需归集和留存资料备查。
二、研发费用加计扣除：资料最庞杂的一类
研发费用加计扣除的留存备查资料可以分成四组：
第一组：申报表。预缴申报时填报A200000《企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类）》享受优惠，《研发费用加计扣除优惠明细表》（A107012）留存备查；汇算清缴时填报A107012与《免税、减计收入及加计扣除优惠明细表》（A107010）。这一口径出自税务总局微信发布的官方问答，并被10号公告、28号公告、11号公告一脉相承地重申。A107012的六段式结构与填报细节，本站有专题（id=170）。
第二组：核算与辅助账。财税〔2015〕119号要求对享受加计扣除的研发费用按研发项目设置辅助账，准确归集核算；研发费用与生产经营费用划分不清的，不得加计扣除。辅助账2021版样式的填写本站亦有专题（id=83）。
第三组：项目证明文件。立项决议文件、研发项目计划书、研发人员名单、项目进展情况等。
第四组：委托研发的专项资料。委托境外研发的留存备查资料，财税〔2018〕64号第三条给出了明确的六项清单，辽宁税务官号问答逐条转述：
| 序号 | 委托境外研发加计扣除留存备查资料（财税〔2018〕64号第三条） |
|---|---|
| 1 | 企业委托研发项目计划书和企业有权部门立项的决议文件 |
| 2 | 委托研究开发专门机构或项目组的编制情况和研发人员名单 |
| 3 | 经科技行政主管部门登记的委托境外研发合同 |
| 4 | 「研发支出」辅助账及汇总表 |
| 5 | 委托境外研发银行支付凭证和受托方开具的收款凭据 |
| 6 | 当年委托研发项目的进展情况等资料 |
此外，「企业如果已取得地市级（含）以上科技行政主管部门出具的鉴定意见，应作为资料留存备查」——鉴定意见不是享受前提，但取得后必须留存。委托境内研发与合作研发的合同登记、80%基数等口径，详见本站委托研发专题（id=110、id=85）。
三、基础研究出资加计扣除：四要素凭证
企业出资给非营利性科研机构、高校、政府性自然科学基金用于基础研究的，按100%加计扣除（2022年32号公告，政策全解见本站 id=241）。新疆税务官号问答明确了这一优惠的留存备查资料要求：出资协议或出资合同、相关票据等；出资协议、出资合同和出资票据应包含出资方、接收方、出资用途（注明用于基础研究）、出资金额等信息。也就是说，凭证上必须能把「谁、给谁、干什么用、给多少」四要素说清楚——尤其是用途栏必须注明用于基础研究，这是与一般公益性捐赠划清界限的关键证据。
四、残疾人工资加计扣除：四项清单
企业安置残疾人员所支付的工资按100%加计扣除（财税〔2009〕70号，与研发加计的叠加关系见本站 id=236）。23号公告附件《目录》列明其主要留存备查资料为四项，吉林、新疆、云南等地官号问答口径一致：
| 序号 | 安置残疾人员工资加计扣除留存备查资料（23号公告附件） |
|---|---|
| 1 | 为安置的每位残疾人按月足额缴纳了企业所在区县人民政府根据国家政策规定的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险和工伤保险等社会保险证明资料 |
| 2 | 通过非现金方式支付工资薪酬的证明 |
| 3 | 安置残疾职工名单及其《残疾人证》或《残疾军人证》 |
| 4 | 与残疾人员签订的劳动合同或服务协议 |
注意两个细节：一是「按月足额缴纳」社保——断缴、少缴直接影响资料证明力；二是工资必须「通过非现金方式支付」，现金发薪无法满足留存备查要求。
五、三类对照总表
| 维度 | 研发费用加计 | 基础研究出资加计 | 残疾人工资加计 |
|---|---|---|---|
| 政策依据 | 财税〔2015〕119号＋40号公告等 | 2022年32号公告 | 财税〔2009〕70号 |
| 核心资料 | A107012＋辅助账＋立项文件＋（委托研发专项） | 出资协议/合同＋票据 | 社保证明＋非现金支付证明＋名单证件＋劳动合同 |
| 凭证关键点 | 按项目归集、划分清晰 | 四要素齐全、用途注明基础研究 | 按月足额社保、非现金发薪 |
| 专项清单 | 委托境外六项（64号文） | — | 四项（《目录》） |
| 预缴可享 | 7月/10月预缴期可享 | 汇算清缴享受 | 汇算清缴享受 |
六、留不齐会怎样
四川、山西税务官号问答都援引过同一段官方表述：预缴享受加计扣除后，税务机关将适时开展后续管理；后续管理时企业应按要求提供留存备查资料，以证实优惠事项符合条件；企业未能按要求提供留存备查资料，或者存在弄虚作假情况的，税务机关将依法追缴其已享受的企业所得税优惠税款，并按照税收征收管理法等相关规定处理。换句话说，资料清单不是「建议项」而是享受优惠的对价——申报表填对只是第一步，资料链完整才能经得起核查。
七、实务建议
①按「优惠类型×资料项」建台账，每项资料标注来源凭证号；②研发加计的辅助账与A107012按年装订归档，委托研发合同登记件单独存放；③出资基础研究的协议在签署环节就核对手工模板是否含齐四要素，缺用途表述的补充书面说明；④残疾人工资的社保缴费记录按人按月归集，与工资发放流水一一对应；⑤汇算清缴结束后即完成归集整理，不要等税务机关上门才补。与本站《研发费用加计扣除2026年风险警示与合规资料准备指南》（id=59）、《研发项目鉴定材料怎么准备》（id=178）搭配阅读，可覆盖从申报到鉴定的全部资料场景。
参考资料（本文为本站原创，口径依据以下官方文件与官号问答撰写）：
- 《国家税务总局关于发布修订后的〈企业所得税优惠政策事项办理办法〉的公告》（国家税务总局公告2018年第23号）第四、五、六条及附件《企业所得税优惠事项备案管理目录》
- 财税〔2015〕119号、财税〔2018〕64号第三条、2022年32号公告、财税〔2009〕70号
- 辽宁省税务局官号问答（委托境外研发六项留存备查资料）；吉林省税务局官号问答（残疾人工资四项资料）；新疆税务局官号问答（基础研究出资资料四要素、第一次发生研发费用如何办理）；四川省税务局、厦门市税务局、西藏税务局热点问答（办理方式与后续管理）
- 本站专题：A107012填报全解（id=170）、辅助账2021版（id=83）、委托研发（id=110/85）、基础研究出资（id=241）、残疾人工资双加计（id=236）、风险与资料指南（id=59）
